Актуальность. После COVID-19 у пациентов с хроническим генерализованным пародонтитом легкой степени тяжести наблюдаются яркие стоматологические проявления, в результате которых изменяется локальный иммунитет и микробиом, при этом механизм его возникновения известен и хорошо изучен, но информация о его течении после COVID-19 минимальна. Описание клинического случая. В статье представлены выписки из истории болезни 18-летней пациентки после перенесенной новой коронавирусной инфекции, обратившейся за медицинской помощью с диагнозом «хронический генерализованный пародонтит легкой степени тяжести, ассоциированный с кандидозным стоматитом». Авторами осуществлен двухэтапный комплекс диагностических мероприятий, определены и проанализированы результаты детекции и идентификации микроорганизмов с применением методов классической микробиологии и метагеномного анализа орального микробиома на фоне перенесённой коронавирусной инфекции. С помощью метагеномного анализа проведено таксономическое профилирование на основе данных секвенирования гена 16S рРНК. Установлено наличие 117 филотипов (родовой уровень), распределенных по 21 типу, при этом детально описаны особенности 34 доминирующих филотипов. Заключение. Выделенная в результате оценки метагенома Candida inconspicua CBS 180T CBS (1,71 усл. ед.), характеризует тенденцию к утяжелению клинической картины хронического генерализованного пародонтита легкой степени тяжести, ассоциированного с кандидозным стоматитом при наличии такого фактора как COVID-19 легкой степени. Определено, что при составлении индивидуальных программ стоматологического обследования лиц с изучаемой патологией следует проводить оценку критериев пародонтологического статуса совместно с детекцией и идентификацией Streptococcus, Fusobacterium, Corynebacterium, Actinomyces, Alloprevotella, Leptotrichia, Saccharimonadaceae, Talaromyces, Prevotella и Campylobacter.