Изменение микробиоценоза является информативным показателем состояния организма в целом и зубочелюстной системы в частности. Факторы, ведущие к нарушению состояния микрофлоры, разнообразны. Имеются сведения о ее нарушении при различных патологических состояниях на фоне сниженной иммунобиологической реактивности при сопутствующих заболеваниях, в том числе слизистой оболочки рта. Изучено состояние микробиоценоза у пациентов при различных заболеваниях слизистой оболочки рта. Выявлено, что на фоне роста патогенной и условно-патогенной микрофлоры до этиологически значимых цифр происходит уменьшение распространенности нормальной. Успешное устранение дисбиотических нарушений в комплексной терапии заболеваний слизистой оболочки рта может улучшить результаты лечения первичного заболевания.